프라이머 Tm 계산기

이중가닥 DNA의 절반이 풀리는 온도입니다. PCR에서 프라이머가 주형에 붙는 어닐링 온도를 정하는 기준이 되며, 보통 Tm보다 5℃ 낮게 잡습니다.

길이에 따라 다릅니다. 14 염기 미만이면 월리스 규칙(2(A+T) + 4(G+C))을 쓰고, 14~70 염기면 길이를 반영한 GC% 식을 씁니다. 이 계산기는 길이에 맞는 쪽을 자동으로 골라 강조합니다.

줍니다. 양이온이 DNA의 음전하를 가려 두 가닥이 서로 밀어내는 힘을 줄이기 때문에, 소금이 많을수록 Tm이 올라갑니다. Na⁺ 농도가 10배가 되면 Tm이 16.6℃ 오르므로 완충용액이 다르면 같은 프라이머라도 Tm이 달라집니다.

보통 Tm보다 5℃ 낮게 잡습니다. 너무 높으면 프라이머가 붙지 못해 증폭이 안 되고, 너무 낮으면 엉뚱한 곳에도 붙어 비특이 산물이 생깁니다. 짝이 되는 두 프라이머의 Tm이 5℃ 넘게 벌어지면 한쪽만 제대로 붙으므로 함께 맞춰야 합니다.

프라이머의 3′ 끝이 G나 C로 끝나는 것을 말합니다. G·C는 수소결합을 세 개 만들어 A·T보다 세게 붙는데, 중합효소가 연장을 시작하는 자리가 3′ 끝이라 이곳이 단단히 붙어 있어야 증폭이 잘 됩니다.

최근접이웃(nearest-neighbor)법이 더 정확하며 몇 도 차이가 날 수 있습니다. 다만 그 방법의 열역학 파라미터가 판본에 따라 달라 값이 갈리므로, 이 계산기는 확정적인 두 식만 담았습니다. 정밀한 설계에는 전용 도구를 쓰세요.